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粗滤估计我的街健记录应该是从2018年春天开始的，当时是大二下，断断续续竟然都快3年了！ 2020-11-9 23:00 2020年之前（原帖） 2018年07月 2018-07-22 俯卧撑100 引体20 2018-07-23 俯卧撑110 引体向上30 2018-07-24 100俯卧撑35引体 2018-07-25 100俯卧撑35引体向上 2018-07-27 40引体向上 2018-07-28 43引体向上 2018-07-29 20引体向上 2018-07-30 20引体向上 2018-07-31 引体向上12 8 9 8 7 😊 2018年08月 2018-08-04 引体向上 11 10 9 8 7 2个借力双力臂 2018-08-05 11 5 8 8 7 2018-08-06 12 10 8 8 7 2018-08-07 今天 100俯卧撑 2018-08-08 12 8 9 7 5 6 2018-08-09 11 8 8 8 7 2018-08-10 100俯卧撑 2018-08-1 ...

服务器探针 使用的源码地址 - ServerStatus中文版 - ServerStatus-HostLoc 其中客户端和web主要在ServerStatus-HostLoc的基础上稍作修改，因为ServerStatus中文版中有月流量统计功能，所以使用它做服务端 原理 整个系统共包括三个部分： 客户端 服务器 web 客户端 这个是运行在想要监控的各个服务器上的,主要功能是采集各个客户端（服务器）上的。运行状态，将这些内容发送给服务端。 因为这两个版本略有差别，所以我将客户端ip连接数的key值，修改成了load_1（在服务端这个key值应该接收到的内容是1分钟内的平均负载），然后将ip连接数获取位置的tcp6改为tcp（ipv6 or ipv4 ?) 服务端 服务端运行在你想要部署你的网站的那台服务器上，主要功能是接受客户端发送来的数据，生成json格式的数据，然后把这些数据放到web网站的文件夹内。 一台主机既可以做服务端又可以当客户端 web 这个就是我们能看到的监控页面了，这个其实是个没有后端的静态的页面，主要的动态效果靠前端js实现，主要功能是使用前端js解析 ...

git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.git cd pbdagcon 修改 makefile中25行， cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py 查看自己python默认版本，如果是3.x 要使用python2.X 运行 config.py 但直接运行会报错 zip2: (stdin) is not a bzip2 file. tar: Child returned status 2 tar: Error is not recoverable: exiting now 原因是原来文件的连接已经失效，需要我们手动去下载 cd src/cpp/third-party 下载boost库 wget -O boost_1_58_0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.58.0/boost_1_58_0.tar.bz2/download 解压boost库 su ...

Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation Abstract 对于 SMS read，准确高效的组装大的重复块和密切相关的单倍体仍然具有挑战性。CANU 包含新的 overlapping 和 assembly 策略，包含 tf-idf weighted MinHash 和 构建稀疏组装图可以避免折叠发散的重复区域和单倍体。 Introduction 有时基因的重复区域可能会比 overlap 区域的长度长，这会导致基因重建具有不确定性，并组装会碎片化。Parametric Complexity of Sequence Assembly: Theory and Applications to Next Generation Sequencing 有两个方法能克服这个基础的限制：增加有效的 read 长度或者基于拷贝的特异性变体分离不精确的重复。 本文的目标是重新构建整个基因组，着重于分层策略，它能够生成最具有连续性的从头组装。分层方 ...

Phased diploid genome assembly with single-molecule real-time sequencing 仅代表个人理解，如果有不准确的欢迎指正 可能会用到的知识点 等位基因！！！！！！ SNP 单核苷酸多态性 SingleNucleotide Polymorphism 例如，对于某种生物，同一位置基因组片段一部分为AAGC CTA，另一部分为AAGC T TA，则认为此处存在SNP、两种基因型属于等位基因。 VS 结构体变异 Structural variation 生物染色体上结构的变异，多指涉长度介于1Kb与3Mb之间的序列大于单核苷酸多态性并且小于染色体畸变 Main 单分子实时测序技术 Single-molecule real-time (SMRT) 可以为哺乳动物提供高连续性的组装，long read 可以横跨多个重复区域，和帮助解决复杂的双倍体基因，本文提供了 FALCON 一个双倍体敏感的 long read 组装工具，FALCON-Unzip 一个相关的单倍体解析工具，用正确的同源染色体来组装代表具有 正确 定相 ...

MECAT: fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads 仅代表个人理解，如果有不准确的欢迎指正 可能会用到的知识点 SMS:single-molecule sequencing 单分子测序技术 mapping：只提供read比对的参考序列上的位置信息；alignment：不仅提供位置信息，还有他们的实际位点和参考位点之间的匹配、不匹配、插入或删除的关系 global alignment ：需要比对整个查询序列，查询序列在参考序列上的比对结果可能会不连续，一般用来比较同源基因，或者基因的差异性 local alignment ：查找最能匹配上参考序列的局部区域，比对上的结果可能是查询序列的子序列， Chimeric reads : occur when one sequencing read aligns to two distinct portions of the genome with little or no overlap. Chi ...

在线扫码获取京东cookie 浏览器获取京东cookie教程1 以下浏览器都行 Chrome浏览器 新版Edge浏览器 国产360，QQ浏览器切换到极速模式 操作步骤 电脑浏览器打开京东网址 https://m.jd.com/ 按键盘F12键打开开发者工具，然后点下图中的图标 此时是未登录状态(使用手机短信验证码登录)，如已登录请忽略此步骤 使用手机短信验证码登录(此方式cookie有效时长大概31天，其他登录方式比较短) 登录后，选择Network,有很多链接的话点箭头这里清空下 然后再点我的，链接就变少了 点第一个链接(log.gif)进去，找到cookie，复制出来，新建一个TXT文本临时保存一下，下面需要用到 我们需要从获取的cookie中找到pt_pin=xxxx;和 pt_key=xxxx;. 不要在浏览器上面退出登录账号(否则刚才获取的cookie会失效) 最终需要的cookie格式：pt_key=jdDC2F833333EFDGTCE5BD4AD1A952D4F4DF84A46052; pt_pin=jd_123456; ...

WSL 设置代理，使用外部windows的代理 cat /etc/resolv.conf 查看 DNS 服务器 IP。 可以看到 DNS 服务器 172.20.176.1 ，通过ALL_PROXY设置代理， 1export ALL_PROXY="http://172.20.176.1:10809" 10809是windows代理的端口，需要在 Windows 代理客户端上配置允许本地局域网请求。 ubuntu修改 swap分区大小 先查看是否有swap分区 1sudo swapon -s 如果存在swapfile则需要先禁用 1sudo swapoff /swapfile 创建一个将用作swap交换的文件 1sudo fallocate -l 4G /swapfile 或者使用 1sudo dd if=/dev/zero of=/swapfile bs=1M count=4096 修改文件权限为600，以防止其它普通用户读写文件 1sudo chmod 600 /swapfile 格式化Linux swap交换文件： 1sudo ...

二代测序数据 (hiseq X) 二代测序 经过各种酶的反应处理后，将测序片段经过PCR扩增进行复制，复制到足够多的数量，然后对单链进行测序 测序 single read 单端测序，对要读取的序列单向测序 paired-end 双端测序（主流）对一序列分别进行双向测序，两个方向的测序数据是反向互补的 双端测序是一段序列两个方向的分别测序，Read 1 和 Read 2 分别保存在不同的 fastq 文件中，而且每一对 Read 1 和 Read 2 都具有相同的 ID，双端测序中每一个单独的 Read 其长度都超过整个待测序列的一半，所以可以根据两个 Reads 重合的部分进行拼接 常用的双端测序拼接软件有 ABYSS 和 h fastq.gz文件查看 zcat是一个命令行实用程序，用于查看压缩文件的内容，而无需对其进行解压缩。 它将压缩文件扩展为标准输出，使您可以查看其内容。 另外，zcat与运行gunzip -c命令完全相同。 -S：指定gzip格式的压缩包的后缀。当后缀不是标准压缩包后缀时使用此选项； -c：将文件内容写到标注输出； -d：执行解压缩操作； - ...

文件格式 常用文件格式有fa、sam、bam sam一般是比对后的序列信息 bam是sam的二进制表示，占用空间比sam小得多，二者之间可以相互转化 bwa bwa使用时首先需要建立参考序列的索引 1bwa index refer.fa 想要将reads比对到参考序列时 1bwa mem refer.fa reads.fq > result.sam samtools 将bam文件转化成fastq文件 1samtools bam2fq -s abc.fq abc.bam 将sam文件转化成bam文件 1samtools view -b -S abc.sam > abc.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 123samtools view -b -F 4 abc.bam > abc.F.bamsamtools view -b -S -F 4 abc.sam > abc.F.bam bam文件转化为sam文件 1samtools view -h abc.bam > abc.sam 提取fastq中的基因 12345# ...